Los primeros indicios humanos en Berriatua se han hallado en las cuevas de Atxurra, Armiña, Lamiña II y Goikolau. En concreto, en ésta última, conocida como “collado de Goikolau", se encontró un collar de color verde del año 2000 antes de Cristo, el cual actualmente se encuentra guardado en el Museo Arqueológico de Bilbao.

 Los primeros manuscritos sobre Berriatua datan del siglo XIV. En 1327 los feligreses de Berriatua crearon la villa de Ondarroa. A partir del siglo XV el pueblo vivió muchas revueltas, ya que en sus tierras, disponían de más de un arsenal. Históricamente, el asiento correspondiente al juntero 24 de Gernika, corresponde a Berriatua.

 En 1974, con la oposición de todos los habitantes, Berriatua se convierte en barrio de Ondarroa. Esta unión dura hasta 1983. En noviembre de ese año, en las Juntas Generales de Vizcaya, se aprueba la desanexión y desde entonces Berriatua cuenta de nuevo con ayuntamiento propio.